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COMPANY INTRODUCTION

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常用工具

虚拟筛选


AutoDock 一款较常用的分子对接软件

http://autodock.scripps.edu/


Dock

http://docking.org/ 一款老牌的对接软件


3D-DOCK

http://www.bmm.icnet.uk/docking/


Openeye 分子筛选软件包。软件包中除了分子对接软件,还有数据库筛选软件,分子格式转化软件(Babel),图形可视化软件(Vida),溶剂化工具等。

http://www.eyesopen.com/


ICM-Browser 分子对接软件,属于ICM-pro软件包的免费部分

http://www.molsoft.com/icm_browser.html


Amber 分子动力学软件,用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟

http://ambermd.org/


Dl_poly 串行和并行分子动力学模拟软件包

http://www.stfc.ac.uk/cse/default.aspx


Lammps 经典的分子动力学代码,可以对在液态、固态或者气态的状态下的粒子系综进行建模,可以建模原子、有机分子、生物分子、金属或者粗粒子系统,可以在不同的力场和边界条件下进行系统建模。

http://lammps.sandia.gov/


NAMD 大规模并行分子动力学计算软件。

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/


Nwchem 计算化学软件,使用标准量子力学描述电子波函或密度,计算分子和周期性系统的特性,还可以进行经典分子动力学和自由能模拟。

http://www.nwchem-sw.org/index.php/Main_Page


Polyrate 使用变分或传统的过渡态理论,计算多原子分子(也包括原子、双原子分子的特例)的化学反应速率的程序。

http://comp.chem.umn.edu/polyrate/


TINKER 一些程序的集合,用于进行分子力学和分子动力学计算,以及一些用于生物聚合物计算的特殊功能。

http://dasher.wustl.edu/tinker/


VMD 分子可视化程序,用于观察和分析分子动力学模拟。

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/


蛋白质分析


DALI Sever 

(http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server/ )

提供蛋白质三维结构比对服务。


PDBeMotif

(http://www.ebi.ac.uk/pdbe-site/pdbemotif/ )

结合蛋白质序列、化学结构和3D数据对PDB数据库进行快速检索,提供蛋白质保守结构特征、结合位点特征、活性位点特征等。


WHAT IF 

(http://swiftNaNbi.ru.nl/servers/html/index.html )

提供一系列蛋白质结构分析服务。


PDBeFold/SSM

(http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/ )

提供蛋白质三维结构相似性检测和结构比对。


ProFunc

(http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/profunc/index.html )

依据蛋白质的序列和结构信息来预测蛋白质的功能。


PIC

(http://pic.mbu.iisc.ernet.in/ )

根据经验或半经验规则计算蛋白质中不同种类的相互作用。


ConSurf Server

(http://consurf.tau.ac.il/ )

基于序列相似性预测蛋白质或结构域表面重要功能区域。


StrucTools

(http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html )

基于PDB结构信息进行结构生物学中的常规计算。


CAVER

(http://www.caver.cz/ )

分析并可视化蛋白质结构中的孔道。


eF-surf 

(http://ef-site.protein.osaka-u.ac.jp/eF-surf/top.do )

展示蛋白质分子三维结构表面的电势。


IBIS

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ibis/ibis.cgi )

预测生物分子间的相互作用。


Pocket-Finder

(http://www.modelling.leeds.ac.uk/pocketfinder/ )

预测蛋白质结构中的口袋结构。


FINDSITE

(http://cssb.biology.gatech.edu/findsite )

预测蛋白质中配体结合位点。


ProPred

(http://www.imtech.res.in/raghava/propred/ )

预测抗原序列中MHC-Ⅱ结合区域


Catalytic Site Atlas

(http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/ )

酶活性位点数据库。


FunClust

(http://pdbfun.uniroma2.it/funclust/index2.py )

鉴定非同源蛋白质中的功能基序。


RASMOT-3D

(http://biodev.extra.cea.fr/rasmot3d/ )

搜索一组蛋白质基序中有相似拓扑的残基。


Proface

(http://resources.boseinst.ernet.in/resources/bioinfo/interface/ )

分析蛋白质相互作用界面的物理化学性质。


LIGPLOT

(http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LIGPLOT/ )

自动生成蛋白质与配体的相互作用图。


SABLE

(http://sable.cchmc.org/ )

基于序列预测未知结构蛋白质可及性表面区域、二级结构和跨膜结构域。


DiANNA

(http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/DiANNA/ )

二硫键预测。

DSDBASE

(http://caps.ncbs.res.in/dsdbase//dsdbase.html )

二硫键信息数据库。

MetalDetector

(http://metaldetector.dsi.unifi.it/v2.0/ )

基于序列信息预测蛋白质中的金属结合位点。


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